Das Engagement im Strafvollzug ist die älteste Säule der Stiftungsarbeit. Sepp Herberger selbst besuchte im September 1970 die JVA im baden-württembergischen Bruchsal und machte sich das Wirken in Haftanstalten zur Lebensaufgabe. Dieses Bemühen wurde sieben Jahre später in der Stiftung institutionalisiert. Nach dem Tode Herbergers engagierte sich Fritz Walter weiter als Botschafter für die Stiftung und besuchte in dieser Funktion bundesweit mehr als 200 Justizvollzugsanstalten. Noch heute sind die Besuche der Stiftungsbotschafterin den Strafanstalten stark nachgefragt. Zahlreiche prominente Fußball-Persönlichkeiten unterstützen die Stiftungsarbeit. Im persönlichen Gespräch informieren sie sich über die Schicksale der Straftäter und berichten über ihren eigenen Lebensweg. Sportlicher Höhepunkt ist oft ein gemeinsames Fußballtraining.
Viele Förderanträge aus Haftanstalten quer durch die Republik erreichen die Sepp-Herberger-Stiftung. Die Anstalten bitten dabei vor allem um die Bereitstellung von Sportmaterialien. Die Stiftung hilft im Rahmen ihrer Möglichkeiten und stellt zum Beispiel Spielbälle und Trikots zur Verfügung.
Im Rahmen der Initiative „Anstoß für ein neues Leben“ liegt der Schwerpunkt auf der Resozialisierung jugendlicher Strafgefangener.
